Memadukan inovasi teknologi budidaya dan kearifan lokal, sektor perikanan dikelola dengan pendekatan ekosistem perairan yang terintegrasi, di mana fokus utamanya adalah menciptakan ketahanan pangan berprotein tinggi sekaligus menjaga kelestarian lingkungan perairan. Berbagai komoditas dan metode inovasi yang di kembangkan, di antaranya budidaya perikanan air tawar, perikanan air payau, pengembangan perikanan pesisir, dan pengolahan hasil perikanan.